در اول مهر سال 1319 در مشهد به دنیا آمد. پدرش از قاریان برجسته‌ی قرآن در مشهد به شمار می‌رفت. تلاوت قرآن را از شش سالگی نزد پدرش اغاز کرد و در مدت کمی به چهره‌ای شناخته شده در تلاوت قرآن تبدیل شد. از همان ابتدا در کنار تلائت قرآن، به یادگیری هنر آواز نیز علاقه مند یود. شجریان از سال 1338 همکاری با رادیو خرایان را آغاز کرد. وی از سال 1346 با نام مستعار سیاوش بیدکانی به همکاری با رادیو ایران ‌پرداخت. از سال 1350 به بعد از نام اصلی خودش در فعالیت های هنری استفاده کرد.
از سال 1350 و در پی آشنایی با فرامرز ظایور و هوشنگ ابتهاج، فعالیت های هنری شجریان متحول شد و سرعت بیشتری گرفت. در همین سال‌ها توسط فرامرز پایور با استاد دوامی آشنا شد و به یادگیری ردیف‌های آوازی و تصنیف‌های قدیمی نزد ایشان پرداخت. در سال 1352 با محمدرضا لطفی و حسین علیزاده و چند تن دیگر از هنرمندان آشنا شد که شال‌ها همکاری با آن‌ها را ادامه داد. از سال 1355 همکاریش را به طور کامل با رادیو قطع کرد.
شجریان بعد از انقلاب به فعالیت های هنری خود ادامه داد و اکنون به عنوان مرجع موسیقی سنتی ایران شناخته شده است.